1999年某個東西被卡車運出了館山市幾天后哥斯拉登陸了館山特生自衛隊出動與之展開了苦戰在戰斗中自衛隊員家城茜（釈由美子 飾）意外害死了戰友葉山二尉（森末慎二 飾）自己卻僥幸活了下來并被派去了資料科 　　另一方面日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的指揮下召集了湯原德光（宅麻伸 飾）等科學家開始研究對付哥斯拉的G兵器他們以在館山沖挖掘出來的初代哥斯拉骨骼為基礎用了四年制成了機械哥斯拉——3式機龍柘植首相辭職由科學技術廳長官五十嵐隼人（中尾彬 飾）就任新首相同時茜被派去了機龍隊擔任機龍的操作員 　　就在準備機龍測試機動時哥斯拉又在東京灣出現了機龍趕赴現場與哥斯拉對戰卻因哥斯拉的吼聲喚醒了體內的野獸靈魂突然暴走在城市中造成了大破壞 　　為了改良機龍湯原改變了機龍DNA計算機的堿構造使機龍不會再受哥斯拉叫聲的干擾...